Влияние возвращения CyS11 на структуру и функцию S11C CyS-free Nt.BspD6I

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Пространственная структура рекомбинантной никующей эндонуклеазы S11C Cys-free Nt.BspD6I определена с разрешением 1.85 Å. Никаза S11C Cys-free Nt.BspD6I получена в результате возвращения Cys11 в Cys-free Nt.BspD6I методом сайт-направленного мутагенеза. Анализ кристаллической структуры никазы S11C Cys-free Nt.BspD6I показал, что возвращение Cys11 индуцирует заметные конформационные изменения в узнающем домене никазы, которые сопровождаются изменениями в ее функции: уменьшением сродства к ДНК, потерей образования олигомерных форм и высокой активностью эндонуклеазы рестрикции S11C Cys-free R.BspD6I.

Об авторах

Р. И. Артюх

Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН

Email: rimmaartyukh@gmail.com
Россия, Пущино

Б. Ф. Фатхуллин

Институт белка РАН

Email: rimmaartyukh@gmail.com
Россия, Пущино

В. Н. Антипова

Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН

Email: rimmaartyukh@gmail.com
Россия, Пущино

Т. А. Перевязова

Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН

Email: rimmaartyukh@gmail.com
Россия, Пущино

Г. С. Качалова

Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН

Email: rimmaartyukh@gmail.com
Россия, Пущино

А. К. Юнусова

Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: rimmaartyukh@gmail.com
Россия, Пущино

Список литературы

  1. Wang W-C., Mao H., Ma D.-D., Yang W-X. // Front. Mar. Sci. 2014. V. 1. https://doi.org/10.3389/fmars.2014.00034
  2. Holliday G.L., Mitchell J.B., Thornton J.M. // J. Mol. Biol. 2009. V. 390. P. 560. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2009.05.015
  3. Ribeiro A.J.M., Tyzack J.D., Borkakoti N. et al. // J. Biol. Chem. 2020. V. 295. P. 314. https://doi.org/10.1074/jbcREV 119.006289
  4. Leichert L.I., Jakob U. // Antioxid. Redox Signal. 2006. V. 8 (5–6). P. 763. https://doi.org/10.1089/ars.2006.8.763
  5. Kachalova G.S., Rogulin E.A., Yunusova A.K. et al. // J. Mol. Biol. 2008. V. 384 (2). P. 489. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2008.09.033
  6. Artyukh R.I., Fatkhullin B.F., Kachalova G.S. et al. // Biochim. Biophys. Acta – Proteins Proteom. 2022. V. 1870 (3). P. 140756. https://doi.org/10.1016/j.bbapap.2022.140756
  7. Zheleznaya L.A., Perevyazova T.A., Alzhanova D.V., Matvienko N.I. // Biochemistry. 2001. V. 66. P. 989.
  8. Yunusova A.K., Rogulin E.A., Artyukh R.I. et al. // Biochemistry. 2006. V. 71. P. 815.
  9. Rogulin E.A., Perevyazova T.A., Zheleznaya L.A., Matvienko N.I. // Biochemistry. 2004. V. 69 (10). P. 1123. https://doi.org/10.1023/b:biry.0000046886.19428.d5
  10. Laemmli U.K. // Nature. 1970. V. 227 (5259). P. 680. https://doi.org/10.1038/227680a0
  11. Hellman L.M., Fried M.G. // Nat. Protoc. 2007. V. 2 (8). P. 1849. https://doi.org/10.1038/nprot.2007.249
  12. Kabsch W. // Acta Cryst. D. 2010. V. 66. Pt. 2. P. 125. https://doi.org/10.1107/S0907444909047337
  13. Kabsch W. // Acta Cryst. D. 2010. V. 66. Pt. 2. P. 133. https://doi.org/10.1107/S0907444909047374
  14. Battye T.G., Kontogiannis L., Johnson O. et al. // Acta Cryst. D. 2011. V. 67. Pt. 4. P. 271. https://doi.org/10.1107/S0907444910048675
  15. Evans P. // Acta Cryst. D. 2006. V. 62. Pt. 1. P. 72. https://doi.org/10.1107/S0907444905036693
  16. Murshudov G.N., Vagin A.A., Dodson E.J. // Acta Cryst. D. 1997. V. 53. Pt. 3. P. 240. https://doi.org/10.1107/S0907444996012255
  17. Abrosimova L.A., Samsonova A.R., Perevyazova T.A. // Mol. Biol. (Rus). 2020. V. 54. (4). P. 667. https://doi.org/10.31857/S0026898420040023
  18. Goodsell D.S., Olson A.J. // Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2020.V. 29. P. 105. https://doi.org/10.1146/annurev.biophys.29.1.105
  19. Santos J., Pujols J., Pallarès I. et al. // Comput. Struct. Biotechnol. J. 2020. V. 18. P. 1403. https://doi.org/10.1016/j.csbj.2020.05.026
  20. Sekerina S.A., Grishin A.V., Riazanova A.I. et al. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2012. V. 38 (4). P. 431. https://doi.org/10.1134/s1068162012040127

Дополнительные файлы


© Российская академия наук, 2023